L'an 492. Uther Pendagron est mort, le royaume qu'il avait construit jusqu'ici s'est affaibli suite à la trahison de sa fille : Morgane. Cette dernière, sorcière de son rang, a trahit les siens pour prendre le pouvoir et construire un royaume ou la magie noire serait la plus puissante de toutes.
Arthur vient d'avoir vingt-deux ans et affronte sa sœur dans un combat qui lui apportera la victoire grâce aux chevaliers de la table ronde, et l'armée qu'il a construit, mais surtout grâce à Merlin qui, dans la discrétion la plus complète, a chassé Morgane de la cour. Arthur ignore encore tout sur Merlin. Ce dernier pensait en avoir fini avec Morgane mais elle reviens en force, plus puissante qu'avant et aidée de sorciers de l'ancienne religion.
Merlin, conscient que son geste risque de faire tout basculer, invoque des sorciers du futur: Les fils d'Ipswish, futur descendants des sorcières de Salem. Pensant que ces derniers se rallieraient tous à sa cause il voyait la victoire arrivée mais, un des cinq rejoint Morgane, attiré par le pouvoir qu'elle possède. A eux deux ils sont aussi fort que Merlin & les quatre autres fils d'Ispswish. C'est ainsi qu'à nouveau, Merlin invoque le futur en amenant les plus puissantes sorcières que le futur connaîtra: Les soeurs Halliwell. En attirant le bien, Merlin attire le mal. Les démons on suivit et à présent, le royaume qu'Arthur à créer, Camelot, est en danger.

Arthur face à cette arrivage de sorciers est désemparé. Il doute de ses capacités à régné sur un monde aussi tangible. Mais Merlin, toujours là pour l'aider, remotivera les troupes et avec l'aide de Gaïus, des chevaliers de la table ronde et des sorcières là pour les aider, l'ordre devrait être rétabli. En attendant, Arthur prépare une guerre contre les sorciers, ce qui n'est pas du gout de notre apprenti magicien qui se verra dans l'obligation d'avouer son secret tôt ou tard ...


De l'autre côté de Camelot, le royaume d'Huderez est gouverné par une reine, la reine Viviane. Merlin ayant eu connaissance de ce royaume par le grand dragon, part à sa rencontre afin de les rallier à sa cause. Il convaincra Arthur de leur bonne foi et ensemble, s'apprêteront à combattre la sorcière Morgane. La reine envoie sa plus puissante magicienne, sa fille: Gabrielle. A leur retour d'Huderez il ont la stupeur de découvrir que Lancelot est toujours en vie. Il est en fait en mission pour Morgane qui l'a ramené d'entre les morts. Lier par un serment impossible à détruire, sa mission est d'espionner Camelot. Après une première bataille qui a été une échec pour les deux clans, on découvre que Lancelot est un traitre. Il est alors banni de Camelot. La reine Viviane se fâche avec Arthur, lui révélant par l'occasion que le chevalier est son fils ou tout du moins, que c'est elle qui l'a élevé. Gabrielle reste auprès d'Arthur, étant tombée amoureuse de ce dernier. Le jeune roi éprouve également des sentiments pour la jeune femme.
Merlin décide de partir pour Huderez afin de convaincre Viviane de revenir les aider, que les arrivants du futur ne peuvent rien sans l'union de tous les sorciers.

Le destin d'un grand royaume repose sur les épaules d'un jeune garçon. Son nom? Merlin...